Obrazovna ustanova koja sprovodi Networking Academy program naziva se Cisco Networking Academy ("Cisco akademija").

Sistem Cisco akademija je organizovan hijerarhijski.

Postoje tri nivoa akademija:

• Lokalna akademija je ustanova koja održava jedan ili više Networking Academy kurseva za studente. Lokalna akademija je odgovorna za obezbeđivanje okruženja za održavanje kurseva.
• Regionalna akademija je ustanova koja pruža podršku Lokalnim akademijama u jednom geografskom području. Regionalna akademija obezbeđuje trening lokalnih instruktora za svaki semestar kurseva. Takođe, uloga Regionalne akademije je da pruža kontinuiranu podršku Lokalnim akademijama u vezi uspostavljanja nastave, tehničkih pitanja, pitanja u vezi materijala i programa itd.
• CATC (Cisco Academy Training Center) je ustanova koja pruža podršku Regionalnim akademijama, u vec opisanom smislu.

Svi administrativni poslovi oko Networking Academy program obavljaju se preko jedinstvene Web-aplikacije.